Nhà Minh vào đầu thế kỷ XV sau khi xâm chiếm Việt Nam thành lập Giao Chỉ thừa tuyên bố chính sứ ty, hay tỉnh Giao Chỉ. Lúc này tỉnh Giao Chỉ chính là nước Việt Nam thời nhà Hồ và được chia thành 15 phủ (sau tăng lên 17 phủ) và 5 châu lớn (năm 1407):

• 15 phủ: Giao Châu, Bắc Giang, Lạng Giang, Tam Giang, Kiến Bình (Kiến Hưng thời Hồ), Tân Yên (Tân Hưng thời Hồ), Kiến Xương, Phụng Hóa (Thiên Trường thời Hồ), Thanh Hóa, Trấn Man (Long Hưng thời Hồ), Lạng Sơn, Tân Bình, Diễn Châu, Nghệ An, Thuận Hóa.
• 5 châu đứng riêng: Thái Nguyên, Tuyên Hóa (Tuyên Quang thời Hồ), Gia Hưng, Quy Hóa, Quảng Oai.

Ngoài ra còn có các châu trực thuộc phủ, tổng cộng có 47 châu lớn nhỏ[8].

Sang năm 1408, châu Thái Nguyên và châu Tuyên Hóa được thăng làm phủ Thái Nguyên và phủ Tuyên Hóa, nâng tổng số phủ lên 17. Sau này lại bỏ phủ Diễn Châu, còn lại châu Diễn.

Như vậy phủ Giao Châu nằm trong quận Giao Chỉ (lúc này cấp phủ thấp hơn cấp quận).

Sau khi Lê Lợi đánh đuổi quân Minh lên làm vua, ông đã bỏ các đơn vị hành chính cũ và chia cả nước thành 5 đạo. Các tên gọi Giao Châu và Giao Chỉ với tư cách là những đơn vị hành chính chính thức đã chấm dứt từ đó.